Le FNS est dirigé par Katrin Milzow (co-directrice), Torsten Schwede (président du Conseil de la recherche), Jürg Stahl (président du Conseil de fondation) et Thomas Werder Schläpfer (co-directeur).
Jürg Stahl est président du Conseil de fondation du FNS à partir de 2020.
Depuis 2025 Torsten Schwede est le nouveau président du Conseil de la recherche du FNS.
Depuis 2025 Katrin Milzow est co-directrice du FNS.
Depuis 2025 Thomas Werder est co-directeur du FNS.