Le FNS investit depuis 70 ans dans les chercheuses et les chercheurs et leurs idées. Fondé en 1952, alors que la recherche helvétique risquait de sombrer dans la médiocrité après la deuxième guerre mondiale, il soutient environ 20 000 scientifiques.
Le FNS a été créé le 1er août 1952 par les organisations faîtières de la science en Suisse. Sa mission principale consistait, et consiste toujours, à allouer des subsides à des projets de recherche relevant de toutes les disciplines scientifiques et à encourager la relève académique. Au fil du temps, de nombreuses tâches ont été attribuées au FNS et la palette de ses instruments et mesures d’encouragement s'est élargie et différenciée.
Mai 1945: la guerre prend fin. Des scientifiques et industriels suisses reprennent contact avec leurs collègues étrangers. Ils prennent conscience que dans les nations ayant joué un rôle prépondérant dans la guerre, le niveau de la recherche scientifique et technologique est bien supérieur à celui de la Suisse. Ils tirent la sonnette d'alarme: à défaut d'un grand effort concerté sur le plan national, la Suisse risque de sombrer dans la médiocrité scientifique. C’est de cette appréhension qu’est né le FNS. Les activités menées ne devaient pas bénéficier qu’à la Suisse. Notre pays ayant été relativement épargné par la guerre, les fondateurs du FNS considéraient qu’il était de leur devoir, envers le monde et plus encore envers l’Europe, d’encourager la recherche scientifique et de participer ainsi à la reconstruction.
Sur le plan institutionnel, la Société helvétique des sciences naturelles, aujourd'hui Académie suisse des sciences naturelles (SCNAT), a joué un rôle déterminant dans la création du FNS. En coopération avec d'autres sociétés savantes nationales, elle a contribué au début des années 50 à élaborer ses statuts et à définir ses missions. Les activités menées ne devaient pas bénéficier qu’à la Suisse. Notre pays ayant été relativement épargné par la guerre, les fondateurs du FNS considéraient qu’il était de leur devoir, envers le monde et plus encore envers l’Europe, d’encourager la recherche scientifique et de participer ainsi à la reconstruction.
Père fondateur du FNS, Alexander von Muralt, professeur bernois de physiologie, n'a pas ménagé ses efforts pour convaincre le Conseil fédéral de doter le FNS des moyens financiers nécessaires à l'accomplissement de sa tâche. Le rapport soumis au Conseil fédéral et au Parlement exprime les soucis de la communauté scientifique suisse du début des années 50:
"Les moyens mis aujourd'hui à disposition de nos chercheurs sont trop restreints et se répartissent entre trop d'institutions diverses pour permettre la formation, à côté des brillantes personnalités du pays, d'équipes de jeunes chercheurs pleins d'initiative et déjà rompus aux difficultés de leur tâche, qui serviraient de base à notre recherche scientifique comme c'est le cas dans la plupart des autres pays."
Le 26 octobre 1951, le Conseil fédéral soumet au Parlement un message acceptant de subventionner le "Fonds national suisse de la recherche scientifique".
Le FNS est créé le 1er août 1952, à l'occasion d'une grande cérémonie donnée dans la salle du Conseil des Etats au Palais fédéral. Les conseillers fédéraux Philipp Etter et Markus Feldmann y assistent, illustrant l'importance que les autorités fédérales accordent à cette institution.