Le FNS finance également les coûts indirects de la recherche des hautes écoles
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Depuis 2009, le FNS finance une partie des coûts induits par les projets qu’il a approuvés dans les institutions de recherche. Ainsi, 102 millions de francs y sont affectés pour 2021, sous forme de subsides « overhead ».
Grâce aux subsides overhead, la Confédération donne plus de poids à la recherche financée sur une base concurrentielle en Suisse. Ces contributions aux frais indirects de la recherche complètent les subventions de base et les subsides de projet de la Confédération. Les subsides overhead motivent les hautes écoles à solliciter des fonds du FNS, renforçant ainsi la recherche dans ces institutions.