Der SNF finanziert auch indirekte Forschungskosten der Hochschulen
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Seit 2009 finanziert der SNF einen Teil jener Kosten, die durch von ihm bewilligte Projekte an den Forschungsinstitutionen ausgelöst werden. Für diese sogenannten Overhead-Beiträge stehen 2021 102 Millionen Franken zur Verfügung.
Mit den Overhead-Beiträgen verleiht der Bund der kompetitiv finanzierten Forschung in der Schweiz mehr Gewicht. Sie ergänzen die Grund- und Projektbeiträge des Bundes. Die Overhead-Beiträge motivieren die Hochschulen, SNF-Förderungsmittel einzuwerben; dadurch stärken sie die Forschung an diesen Institutionen.